有机肥是安全的。一些发达国家在有机农业实践中，提倡施用有机肥而拒化肥。国内绿色食品的肥料标准中，也规定只准施用有机肥和微生物肥。所谓有机肥是指农家就地取材、自行积存制作的多种肥料，也称“农家肥”。
    有机肥以富含有机质的动物、植物为原料积制而成，除含植物所必需的氮、磷、钾外，还含有其他营养成分，故又称完全肥料。常用的有人粪尿、厩肥、家禽粪、家畜的蹄角、鱼杂、骨粉等动物性肥料和油粕、绿肥、豆饼、酱渣、米糠、堆肥、塘泥、泥炭等植物性肥料。有机肥须经充分腐熟后才能施用，否则对作物是有害的。
    大量施用有机肥可改良土壤，使沙土变得肥沃、黏土变得疏松易耕，此外，还可协调土壤中空气与水分的比例，从而有利于作物根系的生长和对水分、养料的吸收。
有机肥和化肥一样，施用不当同样会带来硝酸盐淋失、温室气体排放等生态威胁。目前，一些发达国家已经通过立法的形式来控制和指导农田有机肥的施用。
    根据前瞻产业研究院发布的《2013-2017年有机肥料行业产销需求与投资预测分析报告》数据显示，目前，美国、日本、英国等西方国家有机肥料用量已占肥料使用总量的50%，而我国有机肥料使用量占比不到10%。以市场规模为例，2013年为例，我国肥料制造工业市场规模突破9000亿元，而有机肥料市场规模不到800亿元。
    有机肥必须充分腐熟后施用;配合生物肥施用，有机肥无论是基施还是冲施，好配合生物肥施用，因为有机肥在与生物肥配合施用后，生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机质的分解，使其更利于作物吸收;四是严格控制有机肥施用量，不可过量施用。